根据2006年发表的《东莞市轨道交通建设规划》 ,东莞轨道交通将设有4条市域线(R1至R4线)和1条市郊铁路(广深市郊铁路)。
R1线
R1线R1线由麻涌镇麻涌站连接黄江镇黄江南站,呈西北至东南走向,是东莞连接广州、深圳的快速联络线。全长65.8公里,地下线占13.6公里,其余均为地上线。该线是五条路线之中最长的一条,亦是R1至R4线中站距最长的。设站6至9个,其中3个为换乘站。在西北端麻涌镇连接广州地铁蟹山站,东南端黄江镇则连接深圳地铁途经麻涌镇、望牛墩镇、道滘镇、万江街道、南城街道、东城街道、大岭山镇、松山湖开发区、黄江镇等9个镇街。
在深圳市规划局发表的《深圳市轨道交通规划》中,R1线将会与深圳地铁6号线互相接驳,在时机成熟时两线列车可直接来往东莞莞城和深圳龙华火车站,以实现深莞城际线的功能。
R1线麻涌站至松山湖站一段,预计于2016年动工,2020年通车;余下松山湖站至黄江南站一段,将会在2021年至2025年间建设。
R2线
R2线R2线由石龙镇石龙站通往长安镇的长安汽车站,连接东莞西部的密集城镇带,呈北至西南走向途经石碣镇、石龙镇、茶山镇、东城街道、莞城街道、南城街道、厚街镇、虎门镇和长安镇9个镇街。全长59.4公里,地下线占约11.7公里,计划设站20个,其中4个为换乘站,分别是与广深市郊铁路换乘的石龙站、与广深港高速铁路交汇的新东莞站、与R1线换乘的会展中心站和与R3线换乘的长安汽车站。北部在石龙预留接口往增城,南部则在长安通往深圳,连接深圳机场站 。同时,R2线会展中心站至长安汽车站一段亦会与广深城际轨道交通(即穗莞深城际线)共线运营[7] 。R2线已于2010年3月26日开工建设,2015年完工通车 ,是R1至R4线中计划最早通车的路线。
在2007年4月1日东莞市图书馆的展示中,R2线的站点首次对公众公布[8] 。R2线全线站名如下:
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